Josef Stoitzner wurde im Februar 1884 als Sohn einer Künstlerfamilie in Wien geboren.

Er erhielt seine erste künstlerische Ausbildung an der Wiener Kunstgewerbeschule bei Kenner. Von 1906 bis 1908 studierte er an der Wiener Akademie der bildenden Künste bei Rumpler. 1905 begann er seine Tätigkeit als Zeichenlehrer und legte im Jahre 1909 die Lehramtsprüfung ab, wodurch er von 1916 bis 1919 die Nachfolge der Landschaftsmalerin Tina Blau als Lehrer an der Wiener Frauenakademie antreten konnte. Ab 1922 war er als Fachinspektor für den Zeichenunterricht an den Bundeserziehungsanstalten in Wien, Traiskirchen, Wiener Neustadt und Graz-Liebenau tätig und von 1937 an auch als Fachinspektor für Zeichen- und Handfertigkeitsunterricht an den Knabenmittelschulen in Wien. Seine langjährige Lehrtätigkeit führte ihn schließlich auch an seine einstige Bildungsstätte, die Wiener Akademie zurück, wo er von 1932 bis 1944 als Lehrbeauftragter unterrichtete.

In den Drucktechniken beschäftigte er sich besonders intensiv mit dem Farbholzschnitt und der Lithografie. Im Jahre 1914 wurde ihm die Goldene Medaille der Ausstellung für Buchgewerbe und Grafik in Leipzig sowie die Medaille der Stadt Graz verliehen. Bereits 1909 trat er der Wiener Secession bei und wurde 1939 Mitglied des Wiener Künstlerhauses.

Stoitzner starb am 6. Juli 1951 in Bramberg im Pinzgau (Land Salzburg).